深度學(xué)習(xí)圖像分割算法在病理性切片中應(yīng)用
硬件架構(gòu):雙Xeon可擴展處理器(最大56核,最高3.8GHz)+最大9塊GPU+20盤位并行存
機器特點:目前最強大的CPU+GPU異構(gòu)計算
數(shù)據(jù)規(guī)模:建模與仿真計算、高性能科學(xué)計算、機器/深度學(xué)習(xí)
目的:采用基于深度學(xué)習(xí)的胃癌病理切片分割算法實現(xiàn)對胃癌區(qū)域的識別。
方法:以U-Net網(wǎng)絡(luò)為基本框架設(shè)計深層次的胃癌病理切片分割算法模型Deeper U-Net(DU-Net)。采用區(qū)域重疊分割法將數(shù)據(jù)分割成若干小塊圖片,然后利用預(yù)先訓(xùn)練好的DU-Net網(wǎng)絡(luò)模型對分割的小圖片進行初次分割,并使用圖片分類器清楚假陽性樣本,重新合成新樣本。采用重復(fù)學(xué)習(xí)的方法使用新樣本進行多次重復(fù)訓(xùn)練,將得到的結(jié)果應(yīng)用全鏈接條件隨機場(CRF)進行后續(xù)處理。最終得到胃癌分割圖片并驗證結(jié)果。
結(jié)果:經(jīng)過3次重復(fù)學(xué)習(xí)后,DU-Net網(wǎng)絡(luò)模型的平均精度為91.5%,平均交叉聯(lián)合度量(IoU)為88.4%,相比于未經(jīng)重復(fù)學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)DU-Net模型,其平均精度提升了5.6%,平均IoU提升了2.9%。
結(jié)論:基于深度學(xué)習(xí)的胃癌病理切片分割算法實現(xiàn)了精準(zhǔn)的分割,提升了模型的泛化能力和魯棒性,可用于輔助胃癌病理診斷。
1.深度學(xué)習(xí)網(wǎng)名模型
1.1 網(wǎng)絡(luò)整體框架
該網(wǎng)絡(luò)包含14個卷積塊(convolution block)、7個最大池化層(max-pooling layer)、7個上采樣層(upsampling layer)和一個Sigmoid激活函數(shù)層,其中每個卷積塊包含有1個卷積層(convolution block)、1個批規(guī)范層(batch normalization layer)和1個PRelu激活層。
2.訓(xùn)練方法
2.1數(shù)據(jù)處理
由于標(biāo)注的胃癌區(qū)域中存在很多白色背景區(qū)域,直接對其訓(xùn)練會導(dǎo)致模型將白色背景區(qū)域看作胃癌區(qū)域的一個特征。為此需要過濾大部分背景區(qū)域圖片,以消除白色背景區(qū)域的干擾。對于深度學(xué)習(xí)來說,大規(guī)模數(shù)據(jù)集有利于提高模型的準(zhǔn)確度。本文采用了隨即旋轉(zhuǎn)、平移、隨機裁剪、隨機顏色空間變換方法來進行數(shù)據(jù)的擴充。
2.2區(qū)域重疊分割法
使用無重疊分割法得到的圖片進行訓(xùn)練。會使模型將白色背景區(qū)域占較大比例的圖片誤認(rèn)為正常區(qū)域,從而增加了預(yù)測的不準(zhǔn)確性。區(qū)域重疊分割法增加了圖片視野(即觀測域)的范圍,對不同視野下的相同癌癥區(qū)域進行重復(fù)預(yù)測,可有效避免上述情況。
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